נחל הקישון הוא הנחל המנוטר ביותר מבין נחלי החוף של ישראל. רשות נחל הקישון מבצעת בכל שנה מעקב אחר איכות המים ב-28 תחנות דיגום לאורך הנחל ויובליו על פי תכנית ניטור.
מניתוח נתוני שנת 2017 עולה כי חל שיפור בספיקות ובעומסי המזהמים המוזרמים לנחל מהתעשייה. אחד הגורמים לכך, הינו סגירת מפעל "חיפה כימיקלים" והפסקת השימוש במיכל האמוניה. למרות סגירת המפעל הזרמת הקולחים המטופלים לנחל המשיכה, אך בספיקות ובעומסים נמוכים. בעקבות הסגירה, פחתה כמות הקולחים המטופלים המוזרמת לנחל מהמפעל ב-56%. מפעל חיפה כימיקלים, שייצר דשן לחקלאות, היה בעבר גורם משמעותי ביותר להזרמת חנקן למים, דבר שהביא לתופעת פריחת אצות ומצבי חוסר חמצן מומס במים בשעות הלילה.
גורם נוסף האחראי לשיפור באיכות מי הנחל הוא השימוש במתקן השבת מים בבתי הזיקוק והעברת קולחי בז"ן לטיפול המשך במתקן טיהור, דבר אשר הביא להפחתת עומסים דרמטית מהמפעל לנחל. ברשות נחל הקישון מציינים כי עדיין ישנן מידי פעם הזרמות לנחל, בעיקר לאחר אירועי גשם משמעותיים וזאת לצורך ריקון מכלי הנגר העילי במפעל. יש לציין כי גורמים נוספים כגון השקעות התעשייה במניעת זיהום במקור, הפרדת אזורי נגר עילי נקי משפכי המפעלים המוזרמים לנחל ועוד, תרמו אף הם להפחתת עומסי המזהמים המוזרמים לנחל.
מנכ"לית רשות נחל הקישון, שרון נסים, הביעה סיפוק מתוצאות הניטור השנתיות אולם הוסיפה כי עדיין קיימת עבודה רבה לפנינו: "אמנם התוצאות מראות שהמגמה הכללית היא ירידה בזיהום ובעומסים ביחס לשנים הקודמות, אך אנו נמשיך לעשות את מירב המאמצים על מנת לשפר את איכות מי הנחל לטובת הציבור הרחב במפרץ חיפה ולרווחת המטיילים בשבילי הנחל ובפארקים".